分子生成:扩散模型赋能3D空间想象力从2D到3D:扩散模型革命 传统瓶颈:传统药物分子生成依赖SMILES字符串等1D/2D表征,难以精准捕捉药物与靶点结合的三维空间构象,导致设计分子的成药活性预测存在天然偏差。 AI新范式:2024年以来,源自DALL-E、Stable Diffusion的扩散模型架构被引入该领域。它能在蛋白结合口袋的真实3D坐标空间中直接生成原子位置,实现分子结构与结合构象的同步优化,开启了“所见即所得”的药物设计新纪元。 DiffSBDD :首创双扩散模型架构,直接在3D空间中为靶点蛋白生成适配的配体分子。打破了传统生成方式的维度限制,实现了从“基于片段拼接”到“空间结构驱动”的跨越。 G2D-Diff :全球首个基因型条件化扩散模型。针对特定癌症的基因突变特征(如KRAS突变),生成具有基因型特异性的个性化小分子,为肿瘤精准医疗提供了全新的药物设计工具。资料来源:Diffusion Models in De Novo Drug Design;西南证券整理15